Medusa, yaşamına çok güzel bir genç kız olarak başlamıştır. O kadar güzeldir ki tanrıçaların kıskançlığını üzerinde toplamış, tanrıları da peşinde koşturmuştur. Tanrıça Athena ( Zeus'un en çok sevdiği kızı) onu çok kıskanmaktadır özellikle. Denizlerin tanrısı Poseidon ise Medusa'ya hayrandır. Başı öylesine dönmüştür ki bir gün Athena'nın tapınağında Medusa'ya zorla sahip olur.
Bu durumu kendisi için aşağılayıcı bulan Athena, Medusa'yı gorgon yaparak cezalandırır. Çok çirkinleşmiş, saçları yılana dönüşmüştür, yüzüne bakanlar taş kesilmektedir. Medusa insan olduğu için ölümlüdür. Gorgon yapma cezasını az bulur Athena ve Perseus'la iş birliği yaparak Medusa'nın başını kestirir. Başı kesildiği anda Medusa'nın Poseidon'dan olma çocukları Pegasus ve Chrysar gövdesinden dışarı fırlarlar. Medusa'dan sıçrayan kan damlaları Libya çöllerine düşer ve birer yılana dönüşürler.
Perseus, Medusa'nın kesik kafasını alır gider. Athena ise Medusa'nın derisini yüzüp Aegis'in markası yapar. İki damla kanını kral Erichthonius'a hediye eder. Bu iki damla kandan biri öldürücü zehirdir,diğeri ise panzehirdir, tüm hastalıklara deva olmaktadır.